Настоящая статья посвящена исследованию проблемы повышения эффективности научно-исследовательской деятельности педагогического персонала государственных учреждений высшего образования, в частности, на примере ФГБОУ ВО «Сочинский государственный университет». Аактуализируется задача совершенствования мер мотивации. Проводится анализ показателей научно-исследовательской деятельности университета, выявляются как негативные тенденции (снижение объема НИОКР, публикаций в базах Web of Science), так и позитивные (рост публикаций в журналах ВАК, увеличение количества монографий и активности в сфере интеллектуальной собственности). В работе обосновывается необходимость комплексного подхода к мотивации научно-педагогических работников, который должен быть ориентирован на стимулирование привлечения финансирования для выполнения НИОКР. Предлагается внедрение прогрессивной шкалы оценивания эффективности научно-исследовательской деятельности. В качестве инструмента реализации предлагаемых мер мотивации представлена специализированная программная система научного рейтингования, разработанная и внедренная в университете. Система позволяет автоматически рассчитывать показатели эффективности по 18 различным видам научной деятельности, обеспечивая прозрачность и объективность оценки. Особое внимание уделяется мотивации молодых ученых, аспирантов и студентов, предлагаются конкретные меры по их стимулированию.